金属线编码标记是一段直径为0.25毫米的磁化不锈钢丝，上面有几行数字编码表示特定批次或个体代码。利用专用的注射器将线码标记切断，并植入到皮下组织。标记的标准长度是1.1毫米。对于非常小的动物的可以使用一半长度（0.5毫米）的标记。对于较大的标本或增强的磁场检测，可以使用一个半（1.6毫米）或双倍长度（2.2毫米）的标记。金属线编码标记最小成功标记过22mm体长的鲑鱼，同时金属线编码标记也可以标记许多甲壳类动物。

系统优点
 – 可用于在非常小的动物
 – 最小的生物影响
 – 高保留率
 – 巨大的代码容量（批处理或个体识别）
 – 标签便宜
 – 鱼类样品批量自动扫描
 
系统局限性
 – 在大多数应用中，如若要读取十进制代码标签，必须切除动物组织，通常导致动物样品死亡。
 – 标签通常不是外部可见。
 – 需要购买昂贵的设备来应用标记（打标和识别）
 – 需要专业人员来应用和识别标记
 – 标记的检索和识别需要大量的人力
 – 标记在鱼体内容易产生位置迁移